Die erste Marienkirche wurde 1283 erwähnt und der heutige Bau laut Gewölbeinschrift 1447 geweiht. Sie ist eine Hallenkirche der Spätgotik und als ehemalige Ratskirche ist sie Ausdruck der Schaffenskraft und des Stolzes der Stendaler Hansekaufleute des 15. Jahrhunderts.

An der äußeren Kirchenwand befinden sich mehrere Steinkreuze. Es handelt sich um Mord- oder Sühnekreuze, auch versetzte Grabsteine. Über dem Chor befinden sich eine Reihe von Zinnen, die wohl die Wehrhaftigkeit der Stadt ausdrücken sollten. Darunter sind vier Wasserspeier angeordnet, die einmal das Regenwasser von der großen Dachfläche im Bogen auf die Straße ableiteten. Auf dem First des hohen Kirchendaches sitzt ein Dachreiter mit lang ausgezogener gotischer Spitze.

Von der Marienkirchstraße aus betritt man durch das sogenannte Löwenportal den Innenraum einer dreischiffigen Hallenkirche mit Umgangschor und einem Kapellenkranz. Allein die Breite des Mittelschiffes beträgt 10 Meter. Von der einstigen sehr reichen Innenausstattung der Kirche sind eine Reihe bedeutender Stücke auf unsere Tage gekommen.

Der Chorraum, der eigentliche Sakralraum, wird vom Langhaus, dem Raum für die Gemeinde, durch eine Chorschranke aus den sechziger Jahren des 15. Jahrhunderts getrennt. Über der hölzernen Schranke befindet sich ein Gitter, in dessen oberer Zone Großplastiken aus der Zeit um 1220/30 stehen. Sie wurden aus dem Vorgängerbau übernommen und werden dort in einem Lettner gestanden haben. Es handelt sich um qualitätsvolle Beispiele aus der Zeit der deutschen Spätromanik. Dargestellt sind die Marienkrönung und die zwölf Apostel. Auch die beiden Stendaler Wappen finden sich hier wieder und zeigen die Hauptkirche der Stadt an. Über dem Chorgitter spannen sich drei spätgotische Kielbögen, die ein Triumphkreuz tragen aus der Zeit um 1380/90. Zur Triumphgruppe gehören zwei weitere hochgotische Figuren aus dem Anfang des 14. Jahrhunderts, Johannes und Maria.

Im Chor steht auch der Hochaltar von 1471, der zu den prächtigsten Altären seiner Zeit in Norddeutschland gehört. Sein Hauptthema ist, wie könnte es anders sein, die Mariengeschichte. Außer den wichtigsten biblischen Ereignissen, wie der Verkündigung, der Geburt Christi und der Flucht nach Ägypten, finden sich auch Szenen aus den Apokryphen (Schriften teils unbekannter, teils legendärer Autoren). Zu ihnen gehören Szenen wie der Sturz der Götzenbilder in Ägypten und die Rückkehr des Jesusknaben von dort an der Hand seiner Mutter. Das Hauptbild in der Mitte zeigt den Tod der Maria im Kreise der Apostel und darüber die Krönung der Maria zur Himmelskönigin. Auch an diesem Altar zeigen sich die weitläufigen Verbindungen der Hansestadt, denn der Einfluss der niederländischen Altäre ist unverkennbar. Auf den Außenseiten der Flügel des Altaraufsatzes brachte man das Lieblingsthema niederländischer Altarwerke an, eine vielfigurige Kreuzigungsgruppe von hoher künstlerischer Qualität. Außerdem das Jüngste Gericht, das in der Reliefkunst selten dargestellt wird. Auch dieses zeigt Anregungen aus der niederländischen Malerei. In den Gemälden der Flügel zeigt sich der niederländische Einfluss noch deutlicher. Die Predella zeigt die Legende der heiligen Katharina von Alexandrien. Auch das reichausgestaltete spätgotische Gesprenge des Hochaltars ist vollständig erhalten. Leider hat man im Zeitalter des Frühbarock einen Kasten mit bemalten Flügeln dahinter gestellt, um das Gegenlicht abzuschirmen.

Beachtenswert ist auch das Chorgestühl, das die drei Kirchenältesten Heinrich Ellinck, Hans Schönhusen und Klaus Krögher im Jahre 1508 stifteten. Der einheimische Meister Hans Ostwalt wird als Verfertiger genannt. Die Abschlusswangen zeigen großflächige Relieffiguren, einmal die Anna (Anna mit Maria und dem Jesuskind) und den heiligen Nikolaus, Schutzpatron der Seefahrer und der Hanse. Zu den Füßen der heiligen Anna hat sich Meister Ostwalt selbst anbetend dargestellt, das frühe Selbstbildnis eines deutschen Meisters. Beachtenswert sind auch die buntbemalten Flachschnitzereien am Baldachin, wo in Wappenschildern die Hausmarken der angesehensten Stendaler Familien dargestellt sind. Die Rückseite des Chorgestühls zeigt als Flächenornament spätgotische Kerbschnitzereien: exotisch anmutende Phantasievögel auf einem Flechtzaun, vom Chorumgang aus zu betrachten.

Nach der Reformation veränderten sich die liturgischen Erfordernisse und die Marienkirche erhielt 1566 die heutige Kanzel. In Malerei sind an ihr dargestellt: Christus als Weltenherrscher, Markus, Matthäus, Paulus, Petrus, Johannes der Täufer und Moses. Christus hält in der linken Hand die Weltenkugel, die vermutlich die älteste Stadtansicht von Stendal zeigt. Der reich gestaltete Schalldeckel wird gekrönt von einem tempelförmigen Gehäuse, in dem sich ein doppelköpfiger Adler befindet, wie er als Reichsadler seit 1410 vom Kaiser geführt wurde. Darüber sitzt auf einer Kugel eine Taube, das Symbol des heiligen Geistes.

Der älteste Teil der Orgel stammt aus dem Jahre 1580 und ist vermutlich ein Werk des Orgelbauers Hans Scherer aus Braunschweig. Sie wurde später wiederholt verändert und erweitert, zuletzt von 1940 bis 1944 von der Orgelbaufirma E. Hammer, Hannover. In diesen Jahren entstanden auch die beiden, die Orgel flankierenden Basstürme. Die Orgelempore gehört ebenfalls in das Jahr 1580. Ihre Brüstung zeigt in 14 Feldern Bilder aus dem Leben Jesu. Die Unterseite des Emporebodens zeigt musizierende Engel, Bildwerke, deren Teile nicht zueinander passen, da sie aus dem Material einer älteren Empore zusammengesetzt wurden.
Unter der Orgelempore steht ein erhalten gebliebener Teil eines älteren Chorgestühls aus der Zeit um 1445, von dem allerdings nur noch die beiden Wangen ursprünglich sind. Sie zeigen auf ihren Innenseiten geschnitzte Darstellungen, rechts: die Marter des heiligen Sebastian und Christopherus mit dem Christuskind, links: die Berufung Moses und die antike Legende von der Auffindung des goldenen Tisches. Dieses Chorgestühl dürfte die letzte Arbeit einer etwa von 1425 bis 1445 in Stendal, Salzwedel und Havelberg arbeitenden Schnitzwerkstatt sein, die sich aus norddeutschen und rheinisch-westfälischen Kräften zusammensetzte.

Unter der Orgel befindet sich ferner eine astronomische Uhr aus dem 16. Jahrhundert, die 1977 wieder funktionsfähig gemacht wurde. Sie ist eine der wenigen alten Uhren ihrer Art, die in Norddeutschland noch vollständig erhalten sind. Das 3 mal 3 Meter große Zifferblatt ist in 24 Stunden unterteilt. Es zeigt die 12 Tierkreiszeichen, die die Monate anzeigen. In der Mitte des Zifferblattes befindet sich eine Sternenscheibe. Außerdem bewegen sich die beiden Zeiger, Sonne, Mond und zwei Sterne. Der kleine Zeiger umkreist das Zifferblatt in 24 Stunden, das oben und unten eine Zwölf zeigt. Mittags weist der Zeiger nach oben und zur Mitternacht nach unten. Der große Zeiger, der die Minuten anzeigt, umläuft das Zifferblatt in zwei Stunden und zeigt somit jeweils oben und unten die volle Stunde an. Die Halbstunde wird demnach in der Waagerechten angezeigt. Die Sonne umkreist das Zifferblatt einmal im Jahr. Sie durchläuft dabei die 12 Tierkreiszeichen und zeigt so die Monate an. Die Mondscheibe umkreist einmal im Monat das Zifferblatt. Die blaue Sternenscheibe zeigt die vier Mondphasen an. Bei Vollmond ist die runde Öffnung vollständig golden und bei Neumond schwarz. In vier Ecken des Zifferblattes sind Propheten mit Schriftbändern zu sehen. Ihren Antrieb erhält die Uhr durch ein Gewicht von 65 Kilogramm. Die Pendellänge beträgt 3,25 Meter. Im Abstand von 5 Tagen muss sie aufgezogen werden.

Die ehemalige Marienzeitenkapelle besitzt ein Sterngewölbe. Sie dient seit langem als Taufkapelle. Hier steht eine große bronzene Fünte (norddeutsche Bezeichnung eines Taufbeckens) von 1474. Vier Evangelistenfiguren bilden die Füße des schweren Beckens. An seiner Wandung sind Apostel- und Heiligenfiguren angeschraubt, teils in Tabernakeln mit Fialenaufsätzen, teils in spätgotischen Kielbögen stehend.

Groß ist die Zahl der Grabsteine und Epithaphien. Ein Teil von ihnen befindet sich in den Seitenkapellen, in denen einmal Altäre standen, von denen im späten Mittelalter die Marienkirche 26 besaß. Zwischen der Orgelempore und der Taufkapelle steht der Grabstein des Rektors der Stendaler Lateinschule, Esaias Wilhelm Tappert (gst. 1738), ein verständnisvoller Förderer seines Schülers Johann Joachim Winckelmann.

In der Marienkirche gibt es noch viele schöne Dinge zu sehen, die meist wenig Beachtung finden, zum Beispiel eine gotische Doppelmadonna, Wandmalereien oder mehrere Schlusssteinreliefs im Gewölbe des Chorraumes. Bekannter ist ein blecherner Fisch, der am ersten nördlichen Pfeiler des Chorumganges hängt. Um ihn rankt sich eine Sage, die in Verbindung steht mit einer Überschwemmung der Stadt als Folge eines Elbdeichbruches nördlich von Tangermünde im Jahre 1425. Dieser Deich ist bis heute eine der wichtigsten Hochwasserschutzanlagen für die nordöstliche Altmark.

Vom Winckelmannplatz aus hat man einen sehr schönen Blick auf den Chor der Marienkirche und auf ihre 84 Meter hohen Türme, deren Helme 1987/91 eine neue Kupfereindeckung erhielten. In der Glockenstube, wo auch die Turmfalken ihr Reich haben, hängen vier Glocken. Unter ihnen gibt es zwei ganz besondere Kostbarkeiten. Es sind die Glocken „Maria“ (Durchmesser 1,99 m) und die Glocke „Anna“ (Durchmesser 1,58 m). Beide wurden 1490 gegossen von dem wohl bedeutendsten europäischen Glockengießer Gerhard van Wou aus Kampen in den Niederlanden, dem Schöpfer der berühmten Glocke „Gloriosa“ im Dom zu Erfurt. Seit über 500 Jahren lassen sie nun schon ihren erzenen Ruf erschallen. Eine weitere Glocke wurde 1498 von H. Borstelmann aus Magdeburg gegossen und die jüngste 1616 von H. Nüssel aus Hamburg. Gemeinsam bilden die vier Glocken das schönste Geläut der Altmark.